En las áreas protegidas se llevan a cabo labores de protección y recuperación; estudios de flora y fauna, con la publicación de varios libros de divulgación al respecto; se realizan estudios de calidad del agua en los ríos y lagos, usando parámetros físico-químicos, bacteriológicos y biológicos (organismos zooplanctónicos y bentónicos).

De estas áreas protegidas la Empresa ha estado "tomando" el recurso agua como materia prima para su posterior potabilización y distribución. Desde hace cuatro años el valor correspondiente a los gastos necesarios para poder manejar estas áreas ha sido fijado como un porcentaje de los ingresos que por la venta de servicios, en este caso agua potable, alcantarillado y tratamiento de aguas residuales. Este porcentaje se ha destinado de forma sistemática a la gestión del recurso, esta gestión entendida como el asegurar la disponibilidad (calidad más cantidad) en todas sus formas, no solo en las áreas protegidas de la Empresa, sino a través de los otros mecanismos descritos como Manejo de Cuencas Hídricas, extensionismo y asistencia técnica a las comunidades, es decir, la condición principal que se cumple es la de reinvertir el dinero recaudado en las áreas de fuentes.

Por la crísis económica y factores de elevación de costos, este porcentaje ha tenido que ser revisado constantemente, y es aspiración de ETAPA poder finalmente reflejarlo en la planilla de cada consumidor, de forma que cada usuario del sistema sepa cuanto dinero esta pagando por la conservación de las fuentes de agua. Por lo tanto el primero y mayor servicio ambiental que estan prestando las zonas de páramo, que son fuentes de abastecimiento de la ciudad de Cuenca, ya ha sido valorado e incorporado a la contabilidad clásica de ETAPA.