La vida institucional del CIPDER se remonta al año 1991, donde empezó a trabajar como integrante de una coordinadora para participar en la ejecución del Programa de Emergencia de Lucha contra el Cólera, que fue apoyado económicamente por el Fondo General de Contravalor Perú - Canadá.  

Fueron muchas las ventajas que tuvo el trabajo conjunto, entre ellas: la eliminación de duplicidad de esfuerzos, el abaratamiento en los insumos por la escala de las adquisiciones, la reducción del número de personas y trámites intervinientes; la utilización de los instrumentos de seguimiento, evaluación; y el intercambio de experiencias.

 Posteriormente, en mérito a los resultados positivos de esta experiencia, las siete instituciones CEDEPAS, IDEAS, PROESA, DAS, EDAC - CIED y RAIZ,deciden formar el Consorcio Interinstitucional para el Desarrollo Regional (CIPDER). El mismo que empieza a accionar a partir de Julio de 1992 con la Primera Asamblea General de Socios y la minuta de constitución, cuyo objetivo general se planteó como la búsqueda de un desarrollo sustentable que contribuya a que la población de la Región mejore su calidad de vida.

Así desde Febrero de 1993 CIPDER inicia la ejecución del Programa de Acción Regional de Cajamarca (PARC), incorporándose además ASPADERUC y CEDAJ, el que fue financiado por el Fondo General de Contravalor Perú - Canadá; dicho programa consistió en la ejecución de actividades agropecuarias y de agroindustria, articuladas con un enfoque de cuenca, que contribuyen al desarrollo rural y sustentable y con equidad en la Región Nor Oriental del Marañón, sobre la base de la capacidad productiva de sus ecosistemas. Para una mejor ejecución de las actividades que comprendía el PARC, se lo dividió en 4 sub programas los cuales abarcaban diferentes ámbitos y eran ejecutados por grupos de las ONG's socias. Posteriormente el CEDAS reemplaza al DAS, y PROESA se desactiva.

Además intervinieron en la ejecución de dicho programa otras instituciones como ADEFOR y CAPECC, se efectuaron coordinaciones con PRONAMACHCS, REDE, ITDG, INDESA y CARE; quienes también se identificaron con el objetivo del PARC y participaron en el ámbito de trabajo.
 

El Consorcio Interinstitucional para el Desarrollo Regional CIPDER, es una entidad orientada a conseguir el desarrollo de la Región de Cajamarca, potenciando en primer lugar las actividades de las ONG's que conforman el Consorcio, integrando además a todas las instituciones posibles con el fin de lograr un programa de desarrollo integral para la región de Cajamarca, cuyo objetivo es el de lograr el desarrollo sustentable con equidad, entendiéndose que este desarrollo deberá  conseguir las mejores condiciones de vida para mujeres y hombres de Cajamarca, pero sin poner en peligro la conservación de los recursos naturales y menos aún las posibilidades de vida de las generaciones futuras.

Este objetivo es enarbolado por casi todas las instituciones de Cajamarca, como son: La Municipal Provincial, las Municipalidades Distritales, PRONAMACHCS, Ministerio de Agricultura y la mayoría de las ONG's que trabajan en Cajamarca.

   La misión del CIPDER es propiciar y contribuir con actividades que conlleven a la paz social con equidad, justicia y democracia, buscando la integración y fortalecimiento de sus ONG'S Socias. Sus acciones se encaminan al desarrollo regional, impulsando la propuesta de desarrollo sustentable con manejo y gestión de cuencas y con enfoques agroecológico y de género; apoyando al fortalecimiento y la capacidad de gestión de los gobiernos locales y de las instituciones socias del CIPDER.